根据赛事规则，2025赛季的U21联赛共分为四个阶段。分别是小组赛阶段、预赛阶段、晋级赛阶段和决赛阶段。小组赛六支排名第一的球队和成绩最好的两个第二名，将进入G组，其他十一支球队进入H组。预赛阶段，G组将进行双循环14轮比赛，H组进行单循环11轮比赛，G组的1到4名和H组的5到8名进入I组，G组的5到8名和H组的1到4名进入J组，H组的9到11名不再进入到下一阶段。晋级赛阶段，I组和J组进行单循环比赛共7轮比赛，前4名进入争冠组，后4名进入9到16名的排位赛。决赛阶段，争冠组和排位组各自进行单循环共7轮比赛，决出相应名次。2025赛季U21联赛冠军将和中冠联赛第四名争夺一个中乙名额。